本病應(yīng)與下列疾病鑒別：
1.脊髓腫瘤 脊髓髓外與髓內(nèi)腫瘤都可以造成局限性肌萎縮以及節(jié)段性感覺障礙，在腫瘤病例中脊髓灰質(zhì)內(nèi)的星形細胞瘤或室管膜瘤分泌出蛋白性液體積聚在腫瘤上、下方使脊髓的直徑加寬，脊柱后柱側(cè)突及神經(jīng)系統(tǒng)癥狀可以類似脊髓空洞癥，尤其是位于下頸髓部位有時難以鑒別。但腫瘤病例病程進展較快，根痛常見，營養(yǎng)障礙少見。早期腦脊液中蛋白有所增高，可以與本病相區(qū)別。對疑難病例CT、MRI可鑒別。
2.頸椎骨關(guān)節(jié)病 可以造成上肢肌肉萎縮以及長束征象，但根痛常見，病變水平明顯的節(jié)段性感覺障礙是少見的。頸椎攝片、必要時做脊髓造影以及頸椎CT或MRI有助于證實診斷。
3.頸肋 可以造成手部小肌肉局限性萎縮以及感覺障礙，伴有或不伴有鎖骨下動脈受壓的證據(jù)，而且由于在脊髓空洞癥中常伴有頸肋，診斷上可以發(fā)生混淆。不過，頸肋造成的感覺障礙通常局限于手及前臂的尺側(cè)部位，觸覺障礙較痛覺障礙更為嚴重，上臂腱反射不受影響，而且沒有長束征，當(dāng)能做出鑒別，頸椎攝片也有助于建立診斷。
4.尺神經(jīng)麻痹 可產(chǎn)生骨間肌及中間兩個蚓狀肌的局限性萎縮。但感覺障礙相對的比較輕微而局限，觸覺及痛覺一樣受累，在肘后部位的神經(jīng)通常有壓痛。
5.麻風(fēng) 可以引起感覺消失，上肢肌肉萎縮，手指潰瘍。但有正中、尺及橈神經(jīng)及臂叢神經(jīng)干的增粗，軀干上可以有散在的脫色素斑。
6.梅毒 可以在兩方面疑似脊髓空洞癥。在少見的增殖性硬脊膜炎中，可以出現(xiàn)上肢感覺障礙、萎縮以及無力和下肢錐體束征，但脊髓造影可以顯示蛛網(wǎng)膜下腔阻塞，而且病程進展也較脊髓空洞癥更為迅速。脊髓的梅毒瘤可以表現(xiàn)出髓內(nèi)腫瘤的征象，不過病程的進展性破壞迅速而且梅毒血清反應(yīng)陽性。
7.肌萎縮性側(cè)索硬化癥 不容易與脊髓空洞癥相混淆，因為它不引起感覺異常或感覺缺失。
8.穿刺傷或骨折移位 有時可引起髓內(nèi)出血，聚集在與脊髓空洞癥相同的脊髓平面內(nèi)，但損傷病史及X線片中的脊椎損傷證據(jù)均足以提供鑒別的依據(jù)。
