先天方面,主要是兩眼虹膜顏色不同的情況,有可能於遺傳有關(guān)。由于眼睛虹膜的顏色受遺傳影響,假若后代的父母其中一位有藍(lán)眼睛,而另一位則有灰色眼睛的話,那兩位的后代有可能有一對藍(lán)色的眼睛、或一對灰色的眼睛,但亦有可能一邊眼的虹膜是藍(lán)色,而另一邊卻是灰色的。這可能與瓦登伯革氏癥候群(Waardenburg Syndrome)或Piebald Syndrome相關(guān)。
后天的情況有可能是因?yàn)榛忌螲orner Syndrome或虹膜毛樣體炎,使虹膜造成損傷而萎縮。