其發(fā)生原因是由于脆性 X 智力低下基因( FMR1 ) 5' 非翻譯區(qū)遺傳不穩(wěn)定的( CGG ) n 三核苷酸重復(fù)序列，( CGG ) n 在正常人中約為 8 ～ 50 拷貝，而在正常男性傳遞者和女性攜帶者增多到 52 ～ 200 拷貝，同時相鄰的 CpG 島未被甲基化，稱為前突變 (premutation) 。前突變者無或只有輕微癥狀。女性攜帶者的 CGG 區(qū)不穩(wěn)定，在向后代傳遞過程中拷貝數(shù)逐代遞增 ( 即動態(tài)突變 ) ，以致在男性患者和脆性部位高表達(dá)的女性中， CGG 重復(fù)數(shù)目達(dá)到 200 ～ 1000 拷貝，相鄰的 CpG 島也被甲基化，稱為全突變 (full mutation) 。幾乎所有患者不表達(dá)或只有低表達(dá)的 FMR1 mRNA ，從而出現(xiàn)臨床癥狀。這是動態(tài)突變的典型疾病之一。
另一種位于 Xq28 的 FMR2 基因的動態(tài)突變導(dǎo)致脆性 E 智力低下癥，與該基因 5' 非編碼區(qū)的 GCC 重復(fù)片段有關(guān)，正常重復(fù)數(shù)目為 7 ～35 ，前突變?yōu)?130 ～150 ，全突變?yōu)?230 ～750 。
