本病需與下面的疾病進行鑒別：
1.強直性脊柱炎：
骶髂關(guān)節(jié)結(jié)核可發(fā)生于任何年齡，以單側(cè)發(fā)病多見，常發(fā)生于骶髂關(guān)節(jié)前下1/ 3 滑膜部;而強直性脊柱炎常見于青年男性，多為雙側(cè)對稱發(fā)病，表現(xiàn)為關(guān)節(jié)間隙不規(guī)則變窄或伴有骨硬化關(guān)節(jié)，邊緣可有小囊狀缺損，病變易侵及骶髂關(guān)節(jié)上半部，常伴有腰椎小關(guān)節(jié)間隙模糊、狹窄或消失。
2.致密性髂骨炎：
骨型骶髂關(guān)節(jié)結(jié)核發(fā)生在髂骨松質(zhì)內(nèi)，呈圓形或橢圓形局限性破壞區(qū)，可累及骶髂關(guān)節(jié);而致密性髂骨炎多見于成年女性，常對稱性侵犯骶髂關(guān)節(jié)中下2/ 3 髂骨部分，表現(xiàn)為三角形、新月形或梨形致密影，骨小梁融合消失，不累及關(guān)節(jié)。
3.髂外動脈搏動引起的骨質(zhì)缺失：
近髂外動脈區(qū)的局限性骶髂關(guān)節(jié)結(jié)核有時需與髂外動脈搏動引起的骨質(zhì)破壞或缺失鑒別，前者引起的骨質(zhì)破壞區(qū)雖比較局限，但骨質(zhì)破壞較廣泛，破壞區(qū)邊緣不清,無硬化;而髂外動脈長期搏動可引起髂骨下緣較明顯而深的凹陷，并可見凹陷的邊緣清楚，無硬化征象。
另外本病還需注意與骶髂勞損，椎間盤突出癥，腰椎結(jié)核和髖關(guān)節(jié)炎癥、類風濕性關(guān)節(jié)炎、化膿性關(guān)節(jié)炎和腫瘤鑒別。腰骶椎結(jié)核與骶髂關(guān)節(jié)結(jié)核的癥狀、體征、膿腫和竇道的好發(fā)部位都很相似，兩者容易混淆。如兩者同時發(fā)生在同一病人，要判斷膿腫和竇道來自哪一個病灶，有時很難。只有通過手術(shù)或竇道造影來鑒別。
