由于乳腺淋巴瘤不常見，且臨床表現(xiàn)與乳腺癌難以區(qū)分，所以開始活檢時常被忽視。乳腺淋巴瘤較乳腺癌體積偏大，但這并不能區(qū)分兩者。如果患者短期內腫塊迅速增大，對惡性淋巴瘤有提示作用，而乳腺癌的一些常見癥狀，如皮膚退縮、紅斑、橘皮樣外觀、乳頭分泌物排出在原發(fā)性乳腺淋巴瘤不常見。
與乳腺低度惡性淋巴瘤的鑒別診斷包括MALT型淋巴瘤、濾泡型淋巴瘤、淋巴細胞性乳腺病和全身性淋巴瘤的繼發(fā)侵犯，如小淋巴細胞淋巴瘤/慢性淋巴細胞白血病(CLL)或套細胞型淋巴瘤(MCL)。MALT型與淋巴細胞性乳腺病鑒別主要通過組織學背景。MALT型浸潤主要以濾泡外細胞成分為主，伴有不規(guī)則核仁和大量細胞漿，可以淋巴上皮病變?yōu)橹?。通過免疫組化染色、流式細胞術或分子遺傳學分析證實克隆性也是很有必要的。對于濾泡性淋巴瘤，可見大量濾泡，其中以小裂細胞為主;進行bcl-2蛋白染色可能在區(qū)分良惡性上有幫助。發(fā)生于乳腺的小淋巴細胞性淋巴瘤或套細胞淋巴瘤均可發(fā)生廣泛播散。免疫組化可能會有幫助，CLL與MCL均為CD5 ，套細胞性淋巴瘤cyclinD1陽性，而MALT和濾泡性淋巴瘤CD5和cyclin D1，均為陰性。乳腺的大細胞性淋巴瘤和Burkitt淋巴瘤必須進行鑒別。同時也應與非淋巴系統(tǒng)腫瘤，如與常見的低分化乳腺癌進行鑒別，也應與淋巴母細胞性淋巴瘤或白血病浸潤進行鑒別。任何一個無典型特征的乳腺癌應當做免疫組化以排除造血系統(tǒng)惡性病變。
